Videnskabsmænd er stadig ikke enige om, hvordan vortex-røret fungerer.
Mange af dem synes, at det her er den bedste forklaring: Vortex-røret fungerer som en tornado - men det er meget mindre, og det roterer meget hurtigere. Faktisk kan luften indeni hvirvle rundt med op til én million omdrejninger i minuttet! Når der blæses luft ind i røret, får luften fart på.
De luftmolekyler, der er varmest og bevæger sig hurtigst, slipper gennem ventilen for enden af røret, mens resten af luften føres tilbage ned gennem røret som en ny hvirvel inde i "tornadoen" . De luftmolekyler, der bevæger sig langsommere, har en tendens til at falde tilbage mod rørets midte. Resultatet er, at de langsomme og koldere molekyler samles i den indre hvirvelstrøm, mens de hurtige og varmere molekyler kredser rundt i udkanten.